在休棚期，利用闷棚可以很好地降低土壤中线虫及有害菌的数量，那么，究竟应该选择化学闷棚还是生物闷棚呢？有没有选择标准呢？不少菜农为此纠结。
如何确定，应该先了解两种闷棚方式的区别，化学闷棚使用的化学药剂，这就意味着对土壤中活的生物都有杀灭作用；而生物闷棚是利用微生物菌在高温条件下，其中的有益微生物数量庞大，在土壤中迅速占位，同时其分泌物对有害菌及线虫起到杀灭和驱逐作用，但以预防作用为主，杀灭作用不明显。
了解了两种闷棚方式的区别后，如何选择还应结合各自棚室的土壤情况进行。当土壤中的线虫为害严重时，也就是说线虫是土壤恶化的主要矛盾，这时，我们建议选择化学闷棚。
根据化学药剂的使用办法，科学施用，利用高温条件下，化学药剂分解后进行熏蒸作用，能在短时间内杀灭线虫，迅速将土壤中线虫的数量降低到生产范围内。但问题是，利用化学闷棚后，土壤中的有益菌一同被杀死，所以，在闷棚结束后，蔬菜定植前，或是整个生长过程中，都应重视有益微生物的补充，可增施益生源中微量元素菌肥。
那么，若棚室土壤中，线虫危害不严重时，建议选择生物闷棚的办法，既能起到补充土壤中有益微生物菌的作用，又能起到一定的土壤改良作用。
一般情况下，微生物菌肥是和有机肥一同使用的，那么，在闷棚的同时，还能加速有机肥的腐熟速度，避免了定植后由于粪肥不腐熟发生烧苗现象。若这时还选用化学闷棚的话，土壤中的有益菌就遭殃了，同时，化学产品闷棚都是利用分解产物，通过高温熏蒸起作用，对人体也有一定的危害。
其中，山东省稻田镇一位菜农算了一笔账，他常年种植西红柿，土壤中线虫发生较少，但死棵常有发生，每年在定植前及生长过程中，使用益生源中微量元素菌肥就可以减少土传病害的发生。益生源可以修复土壤，改善土壤微环境，既补充中微量元素，又补充有机质和有益菌，一步到位，省钱又省心，关键是在定植前，为蔬菜创造了一个相对健康的土壤环境。
所以说，应该选择哪种闷棚方式，关键是看线虫危害是否成为主要矛盾，却不可贸然选择，造成闷棚无效甚至是破坏土壤的恶果。
益生源中微量元素菌肥：富含中微量元素（螯合态）和有益元素50多种，有机质含量达30%，有益菌5亿/g。益生源针对土传病害、重茬，土壤酸化、板结、盐渍化等问题具有很好的改良作用；益生源可以有效预防常见的黄叶、大小年、裂果等作物缺素症；益生源能够螯合氮磷钾肥料，提高肥料利用率；益生源还可以解肥害药害，吸附转化土壤中的有害物质，增加有益菌群，优化土壤团粒结构。长期使用益生源，修复土壤、提质增产效果更加显著。